Komárom a Csallóköz délkeleti csücskében, a Duna és a Vág-Duna összefolyásánál fekszik, a Kisalföld sík vidékén. A város közigazgatási területén, Lándorpusztánál ömlik a Vág-Dunába a Nyitra, torkolatánál egy folyami sziget is kialakult (Apáli). Ez a vidék gazdag élővilágával, ártéri erdeivel természetvédelmi terület. 110 m-es tengerszint feletti magasságban terül el, keletről és északról a Vág-Duna és annak holtága, délről a Duna alkotja természetes határát. Az Erzsébet-sziget csaknem a város teljes hosszában végighúzódik és a hajógyár, valamint a kikötő által használt Kis-Duna-ág választja el a várostól. Kiváló helyzete révén már az ókorban fontos kereskedelmi utak keresztezték itt egymást és ez megalapozta a város későbbi fejlődését.