Nagymegyer az Alsó-Csallóközben fekszik, a történelmi Komárom vármegye nyugati határán, Dunaszerdahelytől 20 km-re délkeletre, Komáromtól 35 km-re északnyugatra. Délkeletről a Csiliz-patak (Čiližský potok) választja el a történelmi Győr megyéhez tartozó Csilizköztől (Csilizradvány, Csilizpatas), nyugatra a Határ-kanális (Chotárny kanál) egykor Komárom és Pozsony megyék határát alkotta (ma Nagymegyert Padány, Bögellő és Alistál községektől választja el). Északkeletről Ekecs, keletről Szilas és Gellér, délkeletről Csicsó községekkel határos. Keleti határát a Nagymegyer-Gelléri-kanális alkotja.