Komárom se nachází na jihovýchodním cípu Csallóközu, na soutoku Dunaje a Vág-Dunaje, v nížině Kisalföld. V administrativní oblasti města, v Lándorpusztě, se Nitra vlévá do Váhu-Dunaje a při jeho ústí se také vytvořil říční ostrov (Apáli). Jedná se o přírodní rezervaci s bohatou divočinou a lužními lesy. Nachází se v nadmořské výšce 110 m nad mořem, na východě a na severu tvoří Dunaj-Dunaj a jeho stojaté vody a na jihu tvoří přirozenou hranici Dunaj.